Além das suas atividades no seio da Rede Mundial de Centros e Programas de Pesquisas da Universidade das Nações Unidas, através do UNU-PREP, o CPP, em parceria com o Ministério da Ciência e tecnologia, desenvolve um grande programa de pesquisa sobre a pecuária, a pesca e as atividades econômicas alternativas no Pantanal.
Este Programa efetua pesquisas e capacita profissionais de diversas áreas – ecologia, economia, engenharia, direito, administração, etc – visando contribuir para a elaboração e a execução de políticas públicas que promovam a cidadania e o bem estar das populações da região.
A atuação é através de rede de cooperação horizontal e não competitiva, de forma a aproveitar as vantagens das instituições integrantes de sua rede, garantindo ao CPP o máximo proveito de seus recursos, evitando redundâncias e promovendo o trabalho cooperativo.